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      KEGG Pathway分析服務
      作者:admin    發表時間:2015-09-23

      Pathway分析服務

      KEGG Pathway分析

      KEGG網站(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因與基因組百科全書)是一套關于基因組、酶促途徑以及生物化學物質的在線數據庫。它免費提供了基因數據庫、通路數據庫、配體化學反應數據庫、序列相似性數據庫(SSDB) 、基因表數據庫、蛋白分子相互關系數據庫(BRITE) ,并且開發網頁和編程的接口。有很多研究者采用 KEGG的數據或工具進行通路的分析。 KEGG Pathway 分析可以根據輸入數據不同采用兩種不同的方法進行分析,如果SWISSRPOT 或者 GeneID 列表可以通數據庫號轉換并對應的方式對應到通路,若來自Genbank 的序列可以通過相似性注釋的方式對應到 KEGG Pathway。

      Pathway ID

      Description

      Test

      00010

      Glycolysis / Gluconeogenesis

      13

      00020

      Citrate cycle (TCA cycle)

      9

      00051

      Fructose and mannose metabolism

      8

      00190

      Oxidative phosphorylation

      12

      00230

      Purine metabolism

      7

      00240

      Pyrimidine metabolism

      9

      00271

      Methionine metabolism

      6

       


       
       

      KEGG通路顯著性分析

      與參照數據集比較,計算Z-score和P value,尋找顯著性富集的通路。

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